龔廷賢最為人所稱道的是編纂了《萬病回春》、《壽世保元》等醫學大部頭著作，傳入日本、朝鮮等國。

在《壽世保元》序中說到其醫學思想源於《黃帝內經》：「一以貫之於內經。斯醫道之大成。乃千古不易之定論。實為萬世之師法矣。」

並說到醫學的起源為：「大哉醫乎。其來遠矣。肇自開辟。厥初生民。有壽夭則有札瘥。有札瘥則有醫藥。故神百草。黃帝注內經。伊芳尹作湯液。雷公製炮炙。與夫著書立言垂世者。」

《魯府禁方》為其在山東做官時所編纂之書，「醫有百藥」則是醫學臨床與人生哲學的總結之一。有病不一定非得用藥，心正則神靈更是最佳良藥：

思無邪僻是一藥，行寬心和是一藥，動靜有禮是一藥，起居有度是一藥，　近德遠色是一藥，清心寡欲是一藥，推分引義是一藥，不取非分是一藥，

雖憎猶愛是一藥，心無嫉妒是一藥，教化愚頑是一藥，諫正邪亂是一藥，　戒敕惡僕是一藥，開導迷誤是一藥，扶接老幼是一藥，心無狡詐是一藥，

拔禍濟難是一藥，常行方便是一藥，憐孤惜寡是一藥，矜貧救厄是一藥，　位高下士是一藥，語言謙遜是一藥，不負宿債是一藥，愍慰篤信是一藥，

敬愛卑微是一藥，語言端愨是一藥，推直引曲是一藥，不爭是非是一藥，　逢侵不鄙是一藥，受辱不忍是一藥，揚善隱惡是一藥，推好取醜是一藥，

與多取少是一藥，稱嘆賢良是一藥，見賢內省是一藥，不自誇彰是一藥，　推功引善是一藥，不自伐善是一藥，不掩人功是一藥，勞苦不恨是一藥，

懷誠抱信是一藥，覆蔽陰惡是一藥，崇尚勝己是一藥，安貧自樂是一藥，　不自尊大是一藥，好成人功是一藥，不好陰謀是一藥，得失不形是一藥，

積德樹恩是一藥，生不罵詈是一藥，不評論人是一藥，甜言美語是一藥，　災病自咎是一藥，惡不歸人是一藥，施不望報是一藥，不殺生命是一藥，

中醫理論源自古人仰觀天文，俯察地理，中曉人事。（大紀元資料圖片）

心平氣和是一藥，不忌人美是一藥，心靜意定是一藥，不念舊惡是一藥，　匡邪弼惡是一藥，聽教伏善是一藥，忿怒能制是一藥，不干求人是一藥，

無思無慮是一藥，尊奉高年是一藥，對人恭肅是一藥，內修孝悌是一藥，　恬靜守分是一藥，和悅妻孥是一藥，以食飲人是一藥，助修善士是一藥，

樂天知命是一藥，遠嫌避疑是一藥，寬舒大量是一藥，敬信經典是一藥，　息心抱道是一藥，為善不倦是一藥，濟度貧窮是一藥，舍藥救疾是一藥，

信禮神佛是一藥，知機知足是一藥，清閑無欲是一藥，仁慈謙讓是一藥，　好生惡殺是一藥，不寶濃藏是一藥，不犯禁忌是一藥，節儉守中是一藥，

謙己下人是一藥，隨事不慢是一藥，喜談人德是一藥，不造妄語是一藥，　貴能授人是一藥，富能救人是一藥，不尚爭鬥是一藥，不淫妓眚是一藥，

不生奸盜是一藥，不懷咒厭是一藥，不樂詞訟是一藥，扶老挈幼是一藥。　

古之聖人，其為善也，無小而不崇；其於惡也，無微而不改。

改惡崇善，是藥餌也。錄所謂「百藥」以治之。